办理公司车指标过户手续需要按照以下步骤进行：

1. 准备材料：准备好公司车辆的相关证件，包括车辆购置发票、车辆登记证书、车辆行驶证、车辆保险单等。

2. 填写申请表：根据当地交通管理部门的要求，填写车辆过户申请表，并附上公司的营业执照副本、法人身份证明等相关材料。

3. 缴纳过户费用：根据当地交通管理部门的规定，缴纳车辆过户的相关费用，包括过户手续费、车辆年检费等。

4. 提交申请材料：将填写完整的申请表和相关材料，连同缴纳的费用一起提交给当地交通管理部门。

5. 等待审批：交通管理部门会对申请材料进行审核，核实车辆信息和公司信息的真实性。

6. 办理过户手续：审核通过后，交通管理部门会办理车辆过户手续，将车辆的所有权转移至新的车主名下。

需要注意的是，不同地区的具体办理流程和所需材料可能会有所不同，建议在办理过户手续前先咨询当地交通管理部门或者查阅相关官方网站，了解具体的要求和流程。

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